Draw graphs for sequence analysis

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Book Title:"Beautiful Code" ISBN-13: 978-0-59-651004-6
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Figure 12-1. A sample image generated by Bio::Graphics
Figure 12-4. Clever use of Bio::Graphics callbacks allows related features on two chromosomes to be compared

真實世界裡的獨眼怪獸

前陣子聽某人的畢業專題的時候 他的專題研究的內容提到Signalome-Transfactome Networks, 查了一下什麼是Signalome-Transfactome Networks, 結果發現 真實世界裡真的有獨眼怪獸(獨眼羊), 沒時間寫成一篇blog,下面是一些相關資料

Kai Wang's Thesis defense: A Systems Biology Approach For Dissecting Mammalian Cellular Networks
focus on Signalome-Transfactome Networks

http://www.icsb-2007.org/proceedings/abstracts/F24.pdf



or people called "Signal Transduction Pathways"

當細胞接受到訊息後，往往會引發胞內一連串反應使得細胞對此訊息做出回應，這些反應途徑被稱為signal transduction pathway，pathway上每一點都可以受到調控，訊號也可經過每一點被放大(但非所有訊號都會被放大)，pathway之間有許多branch可以互相溝通，形成一個錯綜複雜的網路。著名的signal transduction pathway有receptor tyrosine kinase (RTK) pathway、Smad pathway、JAK-STAT pathway、Wnt pathway、Hedgehog pathway等，當訊息或是其receptor突變或是無法合成時，就會造成表現性狀異常，上圖的獨眼羊的母親因為吃了jervine alkoloid/corn lilly這種植物，抑制了膽固醇的合成，使Hedgehog不能被合成，進而使Hedgehog pathway調控的某一個特殊的基因被turn off，造成它的子代雙眼融合成單眼，並且缺乏腦下線。[ http://www.dls.ym.edu.tw/lesson3/devebio3.htm]

Other references:
http://www.learner.org/channel/courses/biology/archive/images/1717.html
http://www.tccf.org.tw/magazine/vol6/11.htm