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我叫江奕賢啦

2023年6月17日

長壽 何首烏 虎杖 白藜蘆醇 虎杖苷



白藜蘆醇 

白藜蘆醇(Resveratrol)是一種天然存在於多種植物中的化合物,特別是葡萄籽、葡萄酒中含量較高。它屬於一種多酚類化合物,被歸類為植物次級代謝物。

許多研究表明,白藜蘆醇具有抗氧化和抗炎作用,這意味著它可以幫助減少細胞損傷和炎症反應。這些特性使得白藜蘆醇對心血管健康有益。此外,白藜蘆醇還具有抗衰老和抗癌潛能。一些研究顯示,它可以抑制癌細胞的生長,並促進細胞凋亡(程序性死亡)。

白藜蘆醇的生物利用度較低,即人體吸收和利用的程度有限,也因此要從葡萄或葡萄酒中吃到有效劑量其實很困難(一天200杯?)。reference

何首烏

何首烏:在中國傳統醫學中,它被認為有補腎益精、潤燥滑腸、滋補肝腎等效用。何首烏在古老的中藥著作如《神農本草經》中有記載,常被用於治療如腎虛、肝虛、血虛等症狀,也常被用於頭髮護理和壽命延長的方案中。

虎杖:是一種蓼科何首烏屬植物。

白藜蘆醇 (RES) 被認為是 AMP 活化蛋白激酶 (AMPK) 的激活劑,據報導具有許多健康益處。虎杖苷 (POD) 是 RES 的天然前體和糖基化形式。reference

這樣 大家應該比較能夠了解 為什麼西方覺得 白藜蘆醇可以促進長壽 而 東方覺得何首烏讓人延年益壽烏髭髮 了吧?

前面說道 白藜蘆醇生物利用度較低,這裡順道跟大家分享,從何首烏裡面提煉的白藜蘆醇和虎杖苷,CP值絕對比你喝酒或從葡萄籽萃取來得高喔! reference reference

2023年2月14日

2023年2月9日

示範用 ChatGPT 研究aspirin可以怎樣用在癌症上

前言: 患者確診膽管癌後, 使用阿斯匹林, 可以降低死亡率

前言: 受傷時血小板可以通過釋放生長因子叫你的皮膚再生, 理論上幹細胞在這時候會轉變成皮膚的細胞, 然後在該停的時候停下來. 但癌症細胞會一直不停的再生, 阿斯匹林是有名的抗血小板製劑.

這幾件事有沒有關聯? 怎樣的關聯? 這些問題困擾了我很久.

讓我們請出ChatGPT大神來幫我們順一下思緒.

以下Q是我問的, A是ChatGPT回答的, 我看了它的回答後, 讓我想到新的疑惑, 提出新的問題Q問它. 我用橘色標示出它回答的內容哪裡讓我衍生出下一個問題, 並用藍色標示出我怎麼問它.

Q:血小板和癌症之間有什麼已知的關係嗎?
A:是的,血小板和癌症之間存在關聯。血小板在血液凝固中發揮作用,但它們也可以促進某些癌症的生長和擴散。此外,一些癌症會破壞血小板的正常生成和功能,導致異常凝血和出血。


Q:它們如何促進某些癌症的生長和擴散
A:血小板可以通過釋放生長因子和其他信號分子來促進癌症的生長和擴散,這些信號分子可以刺激癌細胞的生長,增加血管生成(新血管的形成),並增強腫瘤細胞的遷移和侵襲。它們還可以促進血凝塊的形成,當癌細胞在全身循環和擴散時,血凝塊可以物理地捕獲和保護癌細胞。


Q:不同類型的細胞有不同的特性,什麼類型的細胞與癌細胞最相似?
A:癌細胞與乾細胞有許多共同特徵。癌細胞和乾細胞都能夠無限分裂和繁殖,逃避正常的細胞死亡機制,並具有分化成多種細胞類型的能力。此外,癌細胞和乾細胞已被證明具有相似的遷移和侵入周圍組織的能力,以及對化學療法和放射療法的抵抗力。


Q:幹細胞如何對生長因子作出反應?
A:幹細胞通過分裂和分化對生長因子作出反應。表皮生長因子 (EGF) 和成纖維細胞生長因子 (FGF) 等生長因子與乾細胞表面的特定受體結合,激活驅動細胞分裂和分化的信號通路。這個過程允許幹細胞分化成各種細胞類型,並最終形成構成體內組織和器官的特化細胞。幹細胞對生長因子的敏感性也會受到它們的微環境的影響,包括其他信號分子和細胞外基質蛋白的存在。


Q:幹細胞何時會停止對生長因子作出反應
A:當乾細胞達到細胞衰老狀態或分化為特殊細胞類型時,它們會停止對生長因子作出反應。細胞衰老是一種永久性細胞週期停滯狀態,可由各種細胞應激源觸發,包括 DNA 損傷和氧化應激。一旦幹細胞進入衰老狀態,它們就不再對生長因子作出反應,也無法進一步分裂或分化。

另一方面,分化是乾細胞轉變為更特殊的細胞類型(例如肌肉細胞、神經細胞或血細胞)的過程。隨著幹細胞的分化,它們通常會失去對生長因子作出反應的能力,並在功能和對信號分子的反應方面變得更加專一。


Q:幹細胞如何對血小板信號作出反應?
A:幹細胞可以以各種方式響應來自血小板的信號,這取決於乾細胞類型和所涉及的信號通路。血小板釋放生長因子和信號分子,如血小板衍生生長因子(PDGF)和血管內皮生長因子(VEGF),它們可以與乾細胞上的特定受體結合,激活調節細胞分裂、遷移和分化的信號通路。

例如,血小板可以釋放PDGF,刺激間充質乾細胞的增殖和遷移,以及VEGF,增強造血幹細胞的存活和分化成血管。血小板和乾細胞之間的相互作用也可以在傷口癒合和組織再生以及癌症的生長和擴散中發揮作用。然而,血小板調節幹細胞行為的確切機制仍然是一個活躍的研究領域,可能取決於特定的干細胞類型和細胞環境。


Q:當受傷時,血小板會向細胞發出信號,讓細胞複製和修復傷口。這些細胞在修復後是否有任何機制停止
A:是的,一旦修復過程完成,幹細胞就會停止複制和修復傷口。這個過程受各種信號通路和反饋迴路的調節,這些信號通路和反饋迴路調節幹細胞行為確保修復過程受到控制和自我限制。

例如,活化的血小板和其他細胞釋放生長因子和細胞因子可以刺激幹細胞增殖和遷移,但它也可以激活導致細胞週期停滯和細胞凋亡(程序性細胞死亡)的信號通路,這有助於限制修復響應。此外,組織微環境中細胞外基質蛋白和其他信號分子的存在也可以調節幹細胞行為並促進分化為專門的細胞類型。

最終,刺激性和抑制性信號通路之間的平衡決定了乾細胞反應的程度和持續時間,並有助於防止組織過度生長並確保適當的傷口癒合。


Q:你提到這個過程受各種信號通路和反饋迴路的調節,這些信號通路和反饋迴路調節幹細胞行為並確保修復過程是受控和自我限制的,你能列出那些信號通路和反饋迴路嗎?
A:當然,這裡有一些調節幹細胞行為和控制修復過程的信號通路和反饋迴路:

Wnt信號通路:該通路調節幹細胞增殖和分化,有助於協調修復反應。
Notch 信號通路:該通路參與乾細胞命運和分化的調節,有助於確保適當的傷口癒合。
TGF-β 信號通路:該通路調節幹細胞遷移和分化,有助於控制修復反應的程度。
Hippo 信號通路:該通路調節幹細胞增殖和凋亡,防止組織過度生長並促進傷口正常癒合。
p53 通路:該通路參與 DNA 損傷反應並調節幹細胞週期停滯和細胞凋亡,控制修復過程。
P38 MAPK 通路:該通路調節幹細胞遷移和分化,並有助於協調修復反應。

這些是在修復過程中調節幹細胞行為的一些主要信號通路和反饋迴路,但還有許多其他因素和通路也可以發揮作用,具體取決於特定的干細胞類型和組織微環境。

2022年4月27日

沒資金沒病人照樣每五分鐘做一個癌症基因研究

舉個例子, 比如說 我知道我因為基因裡面rs2839698帶AA, 所以H19這個基因在膽管癌的表現會較高. 詳見這篇paper.

我想知道這件事對我的存活率影響有多大.

這時候 搜尋一下 pubmed, 還沒有這樣的paper, 這時候 我就可以拿出下面這個database, 立馬統計一下.

http://gepia2.cancer-pku.cn/#survival

Gene: H19

methods: overall survival

group cutoff: median

datasets: CHOL

就可以得到下圖了.

在膽管癌病人中 如果H19高, 跟H19低的比, 則五年存活率大概會少一半.

一兩分鐘就可以得到結果, 不用等一兩年!

上面的範例是看某個基因的表達量會怎樣影響存活率
如果是要看某基因突變會怎樣影響存活率 可以用下面這個database
https://www.cbioportal.org/

2022年2月12日

掌紋 指紋 基因 看命運

從生命線看壽命
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2231578/

從掌紋看ALS病人存活率
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286742101446X

從手掌看心臟肥大
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29362603/

從指紋看蛀牙
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30700961/

指紋看口腔癌
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3883322/

從指紋看婦科癌症
手指有六個以上的loop pattern可能是發展為婦科癌症的風險因素
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29353131/
還好我不是婦女, 我十根手指上都有 loop pattern.

指紋與基因的關係
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286742101446X

中醫西醫之盲人摸象 腎虧


中醫及西醫 都只是用他們看得到的方式 在看疾病, 就如盲人摸同一隻象, 卻可以有不同的解讀.

中醫說 腎虧 腎虛 的症狀主要是:記憶力下降和減退注意力不集中精力不足學習或工作效率降低情緒失常頭暈背痛疲勞失眠、多夢 [ref]

你問西醫 記憶力下降 注意力不集中 怎麼會跟腎有關係? 

西醫一定告訴你: 西醫和中醫談的腎不一樣。西醫指的就是腎臟相關功能,包括代謝水分、調節電解質、血液酸鹼度、腎上腺分泌腎上腺素,同時腎臟也會影響血壓控制等。[ref]

所以 以西醫來看 中醫說錯了? 以中醫來看 西醫太狹隘?

而我 正從第三個方向 來看中醫與西醫 (不只是中藥與西藥)

找到了這個

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3843375/

如果一篇不夠, 來! 我再給你一堆

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32878993/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6924030/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19705282

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18251955

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22116945

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21668914

試想 你記憶力及認知功能衰退 到醫院看醫生

醫生得先幫你釐清你是腎有問題還是腦有問題 ...

得用完全不同的方法治療

2021年7月26日

AlphaFold2 三分鐘手把手教學 (用 DeepMind 預測蛋白質摺疊的結構)

AlphaFold2 簡介

簡介的部分我就跳過了 各位可以在網路上查到很多資料, 這裡很快的帶過. 

之前AlphaFold2以很高的分數 讓大家議論紛紛 

不過沒有釋放出 source code 讓大家再度議論紛紛

 

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2

也導致另一個團體也做了一個類似的出來

https://science.sciencemag.org/content/early/2021/07/19/science.abj8754

至今, 這兩大系統都開源了, 但今天我們focus在AlphaFold上

https://github.com/deepmind/alphafold

不過今天我不是要教你用上面這個官方版的AlphaFold, 因為不要說架起來, 單獨download必要的資料就花很多時間.

今天要教大家怎樣三分鐘就從頭跑到尾.

簡易上手教學 (TL;DR)

簡易上手版 AlphaFold2

1. 連到
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb

2. Runtime - Run All

預測蛋白質複合物的結構

1. insulin https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1trz/protein/1
GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1trz/protein/2
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT

2. 連到
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2_complexes.ipynb

3. 將insulin的chainA和chainB填入 選 pair_msa

4. Runtime - Run All



其他參考資料

https://towardsdatascience.com/google-colab-notebooks-are-already-running-deepminds-alphafold-v-2-92b4531ec127

2021年7月20日

電子鼻的重要元件

嗅覺 對我來說 是一個很迷人的東西 我說的不是味道很迷人 而是背後的原理 在科學上 讓我很著迷

為什麼呢? 因為目前大部分的 sensor 一次都只能偵測少數分子, 比如說 偵測有沒有甲醛 那這個偵測器就只能偵測甲醛 無法同時偵測其他東西.

當然 我們可以用質譜儀(或者用 MS/MS, LC-MS/MS) 一次偵測多個化合物, 但是整個機器的體積實在是太龐大了.

你完全無法帶出去玩, 甚至放在家裡也都把自己弄得很像傻子.

我要的是一個可以像手機那樣可以帶出去玩的玩具啊!

之前大概的構想是像 microarray 那樣, 弄個晶片 上面一堆probe, 然後看看哪些probe黏到東西, 然後用AI train出一個model就完成了.

不過隨著時間進步, 


現在只需要用LSPR這個原理, 就可以做出超小的device, 利用吸收光譜的原理 得知是什麼東西黏了上來, 然後吸收能量後又跑掉了.

不論你想拿去聞食物、香水、疾病、藥物、毒品、有毒氣體 隨你.

What a time to be alive.