AlphaFold2 三分鐘手把手教學 (用 DeepMind 預測蛋白質摺疊的結構)

AlphaFold2 簡介

簡介的部分我就跳過了 各位可以在網路上查到很多資料, 這裡很快的帶過. 

之前AlphaFold2以很高的分數 讓大家議論紛紛 

不過沒有釋放出 source code 讓大家再度議論紛紛

 

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2

也導致另一個團體也做了一個類似的出來

https://science.sciencemag.org/content/early/2021/07/19/science.abj8754

至今, 這兩大系統都開源了, 但今天我們focus在AlphaFold上

https://github.com/deepmind/alphafold

不過今天我不是要教你用上面這個官方版的AlphaFold, 因為不要說架起來, 單獨download必要的資料就花很多時間.

今天要教大家怎樣三分鐘就從頭跑到尾.

簡易上手教學 (TL;DR)

簡易上手版 AlphaFold2

1. 連到
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb

2. Runtime - Run All

預測蛋白質複合物的結構

1. insulin https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1trz/protein/1
GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1trz/protein/2
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT

2. 連到
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2_complexes.ipynb

3. 將insulin的chainA和chainB填入 選 pair_msa

4. Runtime - Run All

其他參考資料

https://towardsdatascience.com/google-colab-notebooks-are-already-running-deepminds-alphafold-v-2-92b4531ec127

變形金剛影片DIY製作教學

這篇主要是記錄怎麼做出下面這個影片

http://www.youtube.com/watch?v=2r1WasN5JFQ

基本上上面那個影片是PatrickBoivin一個畫面一個畫面手工拍下來的

這裡有他部分的製作過程

http://www.youtube.com/watch?v=cBp85mJZHOg

用的軟體是 Dragon Stop Motion

這裡有簡單的影片教學以及概念說明

http://www.dragonstopmotion.com/tutorials.php

硬體是Canon或Nikon單眼相機

利用其live view功能

(其他單眼相機特殊功能請見這一篇 http://markchiang.blogspot.com/2009/02/rom.html)

當然 基本的電影手法概念要會

比如說藍幕(Blue Screens)技術 (就是拍超人那種 站在藍幕前面拍 然後去掉背景 加上真正的背景)

運鏡(軌道車攝影) 、燈光、後製軟體、、等等

一秒鐘三十張的話 上面那個一分半鐘的影片 大約需拍兩千七百張照片

至於後製、剪接、去掉背景等動作 我是習慣用Adobe的Premiere Pro

噢！忘記說了 裡面的可變身的變形金剛玩具模型 網路上就可以買到了

3D版 殺很大 瑤瑤 騎馬機 宅男桌上版 製造教學

最近殺很大的瑤瑤很夯 打算來做一個3D版的瑤瑤 騎在騎馬機上 讓宅男能把她放在桌上 以多種方式陪伴著宅男 

模型大致分為 1. 瑤瑤 2. 頭 3. 臉 4.身材 5.服裝

1. 瑤瑤要有個殺很大騎馬的姿勢 還需要有騎馬搖動的動態姿勢 和奶振的技術資料 

2. 頭 當然要有個很萌很可愛的髮型

3. 臉 當然要出自那又萌又正統的瑤瑤的照片嘍 作法請看這篇

4. 身材其實算簡單的 就是弄個標準辣妹身材 差不到哪去的

5. 服裝 用這種的去改

不過 就在我三月底做好的時候 瑤瑤就只剩下個名字了 挖ㄌㄟ

最近在清硬碟的時候 想說 既然做好了 我還是貼出教學好了 反正工都做了

下面是成果(點擊看大圖)

上面模型裡面的臉 是用網路上找到的這張 

然後依照這篇人臉2D轉3D教學就可以得到3D人臉模型

我加上了一匹馬 比較好調姿勢，在照這篇製造 瑤瑤 殺很大 3D 虛擬實境版實用使用時 請自行把馬換成別的東西