AlphaFold2 三分鐘手把手教學 (用 DeepMind 預測蛋白質摺疊的結構)

AlphaFold2 簡介

簡介的部分我就跳過了 各位可以在網路上查到很多資料, 這裡很快的帶過. 

之前AlphaFold2以很高的分數 讓大家議論紛紛 

不過沒有釋放出 source code 讓大家再度議論紛紛

 

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2

也導致另一個團體也做了一個類似的出來

https://science.sciencemag.org/content/early/2021/07/19/science.abj8754

至今, 這兩大系統都開源了, 但今天我們focus在AlphaFold上

https://github.com/deepmind/alphafold

不過今天我不是要教你用上面這個官方版的AlphaFold, 因為不要說架起來, 單獨download必要的資料就花很多時間.

今天要教大家怎樣三分鐘就從頭跑到尾.

簡易上手教學 (TL;DR)

簡易上手版 AlphaFold2

1. 連到
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb

2. Runtime - Run All

預測蛋白質複合物的結構

1. insulin https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1trz/protein/1
GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1trz/protein/2
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT

2. 連到
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2_complexes.ipynb

3. 將insulin的chainA和chainB填入 選 pair_msa

4. Runtime - Run All

其他參考資料

https://towardsdatascience.com/google-colab-notebooks-are-already-running-deepminds-alphafold-v-2-92b4531ec127